中國科學院上海巴斯德研究所（以下簡稱研究所）成立于2004年10月11日，是中國科學院與法國巴斯德研究所共建的整建制從事感染性疾病基礎和轉化研究的綜合性研究機構。 

　　研究所聚焦病原微生物基本生命活動規律、重大感染性疾病的致病機制等關鍵科學問題，以病原發現、病原與宿主互作及應對技術為著力點，著力推動病原學、免疫學和疫苗學等學科創新與發展，為傳染病防控提供科技支撐和解決方案。作為中法共建科研機構和巴斯德國際網絡成員單位，研究所以“科學和公共衛生使命“為牽引，以創新國際合作機制為抓手，著力為走出一條中外科技合作創新之路努力探索。 

　　研究所設有中科院分子病毒與免疫重點實驗室，微生物、發育與健康研究中心等學術單元，現有研究組32個。設有生物學、基礎醫學2個專業一級學科博士和碩士研究生培養點。 

　　研究所支撐部門包括公共技術服務中心、條件保障中心、生物安全政策研究中心等，行政管理部門包括黨政辦公室（行政辦公室、黨委辦公室、紀監審辦公室合署辦公）、科技發展與合作處（含國際合作辦公室）、人事教育處（含研究生工作辦公室）、財務處、綜合管理處。 

　　截至2022年8月，研究所在職職工146人，博士后29人（含聯培博士后5人）。其中正高級專業技術崗位35人、副高級專業技術崗位22人，外籍職工、博士后占8.6%。