| 2004年1月 簽署合作意向書 | |
| 2004年1月28日，在中國國家主席胡錦濤和法國總理拉法蘭的見證下，中國科學院副院長陳竺和法國巴斯德研究所所長菲利普· 庫里爾斯基簽署了中國科學院與法國巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向書。 |  |
| 2004年3月-8月 談判合作協議 | |
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| 2004年3月，法國代表團訪問中科院 | 2004年5月，中科院代表團訪問巴斯德所 |
| 2004年8月 簽署合作總協議 | |
| 2004年8月30日,中國科學院、上海市人民政府和法國巴斯德研究所在上海簽署建立中國科學院上海巴斯德研究所的合作協議,中國科學院副院長陳竺、上海市副市長嚴雋琪和法國巴斯德研究所所長菲利普·庫里爾斯基出席了簽字儀式。 |  |
| 2004年10月 舉行揭牌儀式 | |
| 2004年10月11日,中科院上海巴斯德研究所舉行揭牌儀式,法國總統希拉克、中科院副院長.陳竺、上海市副市長唐登杰共同為研究所揭牌。 |  |
| 2005年7月 研究組進駐科研大樓 | |
| 經過專家委員會嚴格選拔, 2005年7月,第一批4名科學家被聘任為研究組長,并正式在上海巴斯德所建立實驗室。 |  |
| 2009年4月 上海巴斯德所病原診斷中心、疫苗研發分中心揭牌 | |
| 2009年4月28日,上海巴斯德所病原診斷中心、疫苗研發分中心揭牌成立。 |  |
| 2011年2月 中科院分子病毒與免疫重點實驗室揭牌 | |
| 2011年2月25日,中科院分子病毒與免疫重點實驗室在上.海巴斯德所揭牌成立。 |  |
| 2013年4月 新科研大樓啟用 | |
| 2013年4月26日, 上海巴斯德研究所新科研大樓建成啟用,法國總統奧朗德、中國科學院副院長張亞平、上海市,常務副市長屠光紹為落成啟用的科研大樓揭牌。 |  |
| 2019年12月 上海巴斯德所正式成為中科院直屬事業單位 | |
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2019年12月9日，中國科學院黨組將上海巴斯德研究所正式納入直屬事業單位的管理序列。這為建設國際一流研究機構、創新改革各項工作順利開展奠定了堅實基礎，為研究所注入發展新動力。 |
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